از اجراى نقشهء خود صرف نظر كند . وقتى دشمنى شاهرخ آشكار شد ، سيد دوستان عراقى خود را جهت محافظت خويش فراخواند و هزار نفر از خراسانيان نيز كه او را ، به مناسبت شرف سيادت و انتساب نزديك به خاندان صفوى ، گرامى مىداشتند ، به محافظت او كمر بستند . شاهرخ يكى از سرداران خود را به نام بهبود خان مأمور كشتن وى كرد . وى از اجراى اين مأموريت خوددارى ورزيد و شاهرخ او را به زندان افكند و در جواب شفاعت ساير سرداران ، كشتن سيد را پيشنهاد كرد . سرداران كه به قتل سيد محمد راضى نبودند بهبود خان را از زندان بيرون آورده همگى نزد سيد محمد رفتند و پس از مذاكرات مفصل وى را به سلطنت راضى كردند . ( بيستم محرم 1163 ه . ق ) در روز پنجم صفر ، مير سيد محمد بر تخت سلطنت جلوس نمود . بلافاصله سكه به نام او زده شد . نقش سكه‌اش در يك طرف لا إله الا اللّه ، محمد رسول اللّه ، على ولى اللّه بود و در حاشيه نام دوازده امام و در طرف ديگر اين بيت : زد از لطف حق سكهء كامرانى * شه عدل‌گستر « سليمانى ثانى » ماده تاريخ جلوس وى را « طلوع شمس از مشرق » يافتند . سيد محمد ، پس از انتصابات معمول ، سپاهى به سركردگى امير خان توپچىباشى و امير معصوم خان برادر امير علم خان بر سر هرات فرستاد و اين سپاه هرات را تصرف كرد . پس از رسيدن خبر اين فتح ، سيد محمد با خبر شد كه امير علم خان خزيمه « وكيل مطلق دولت عليه » ( تقريبا به معناى معاون كل ) با همدستى امير مهراب خان خويش خود ، شاهرخ را كور كرده است . سيد محمد سخت برآشفت و از سلطنت اعراض كرد . ولى پس از يك هفته ، بار ديگر بر اثر الحاح و اصرار سرداران ، دوباره به سلطنت بازگشت . سيد محمد در انديشهء لشكركشى به قندهار بود كه ناگهان امير مهراب خان درگذشت . شاه كليهء امرا من جمله امير علم خان را جهت تشييع جنازه فرستاد . درين هنگام